Program unggulan SEAQIS pada tahun 2017 adalah sebagai berikut.
Regular Regional Training Courses on:
Kelima pelatihan reguler tersebut diikuti peserta dari Indonesia dan negara-negara anggota SEAMEO.
SEA Digital Class on Adopting 21st Century Curriculum
Program peningkatan kompetensi guru dalam meningkatkan kemampuan abad 21 siswa melalui aplikasi kelas digital EDMODO.
In-Country Training on IBSE for SEAMEO member countries
Program pelatihan guru-guru sains lokal di suatu daerah (Indonesia maupun negara SEAMEO lain) terkait dengan pembelajaran sains berbasis inkuiri/penemuan.
Science Research Grant: Science Teacher and Education Personnel Competency Improvement Through Inkuiri Based Learning Research in Adopting 21st Century Skills
Program pemberian hibah penelitian bagi guru dan tenaga kependidikan sains dalam rangka melakukan kegiatan penelitian pendidikan sains dalam payung tema Pendidikan Abad 21.
Test Item Development on Higher Order Thinking Skills (HOTS)
Kegiatan penyusunan item soal sains untuk jenjang pendidikan SD, SMP, SMA/SMK dengan karakteristik berpikir tingkat tinggi sesuai dengan taksonomi Bloom.